ผู้นําตัวจริงของเจไอเวลานี้คือชาวอินโดนีเซียชื่อนายซูลคาแนน เขาได้รับการฝึกฝนแบบกองโจรในอัฟกานิสถานและมีสายสัมพันธ์ใกล้ชิดกับกลุ่มก่อการร้ายระดับแนวหน้าอย่างอัลไกด่า
ชายชาวอินโดนีเซียอีกคนที่มีบทบาทสําคัญในขบวนการเจไอชื่อนูดิน โมฮัมมัด ทอป งานของเขาคือรวบรวมสมุนเข้ากลุ่มและจัดแจงภาระกิจต่างๆของขบวนการ ทอปรับคําสั่งจากซูลคาแนนแต่ตัวเขาเองก็มีอํานาจพอที่จะสั่งการเลือกเป้าก่อการร้ายซึ่งส่วนใหญ่ใช้ระเบิดปฏิบัติการ มีมือระเบิดพลีชีพอย่างน้อยห้าคนที่พร้อมทํางานให้เขา เป็นไปได้มากว่าลูกน้องอีกคนของเขาระเบิดพลีชีพตัวเองหน้าสถานฑูตออสเตรเลียเมื่อวันที่ 9 กันยายนในกรุงจาการ์ตา
ขณะเดียวกันตํารวจได้ควบคุมตัวนายอาริฟิน บิน อาลีเชื้อสายจีนชาวสิงคโปร์ มีชื่อเดิมว่านาย จอห์น ว่อง อาฮุงและภายหลังเปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลาม
หลังจากฮัมบาลีถูกจับที่จังหวัดอยุธยาในเดือนสิงหาคมปีที่แล้วอาริฟินกลายเป็นหัวหน้าใหญ่ฝ่ายจัดการก่อการร้ายของกลุ่มเจไอในระยะเวลาสั้นๆ เขามาฝังตัวปฏิบัติการอยู่ทางภาคใต้ของไทย เป็นที่เชื่อว่าเขาวางแผนให้มีการระเบิดพลีชีพระหว่างประชุมผู้นําสูงสุดของประเทศในเอเซียแปซิฟิกที่กรุงเทพเมื่อปีที่แล้วแต่เขาก็ถูกจับกุมพร้อมผู้สมรู้ร่วมคิดชาวไทย
.gif){kind=small}